Reduced ambiguity and improved interpretability of bacterial genome-wide associations using gene-cluster-centric k-mers

Hannes Sommer

Kernaussage

Panfeed ist ein auf Python basierendes command line tool, das übliche Limitationen von genomweiten Assoziationsstudien in Bakterien umgeht, indem es k-mers mit spezifischen Genclustern verknüpft und so typische Störfaktoren von de Bruijn Graph basierten Methoden bei der Identifizierung kausaler Varianten in mikrobiellen Datensätzen vermeidet.

Translationale Perspektive

Panfeed erhöht die Genauigkeit von GWAS, indem es die Assoziation zwischen Mutationen spezifischer Gencluster, insbesondere in Promotorregionen, und Phänotypveränderungen erleichtert und so ein umfassenderes Verständnis der Strategien mikrobieller Pathogene fördert und die Erforschung neuer antimikrobieller Ziele ermöglicht.

Originalpublikation


Hannes Sommer, Dilfuza Djamalova, Marco Galardini
Reduced ambiguity and improved interpretability of bacterial genome-wide associations using gene-cluster-centric k-mers
Microbial Genomics, 2023

DOI: https://doi.org/10.1099/mgen.0.001129